Der ehemalige FCZ-Nachwuchsspieler wechselte mit 16 Jahren in die U17 von Juventus Turin. Später wurde er für zweieinhalb Jahre an den damaligen Super-Ligisten FC Vaduz ausgeliehen. Es folgten weitere Leihen zu Brescia Calcio sowie zum FC Empoli. Bisher absolvierte Joel Untersee 42 Partien in der Super League, 54 Spiele in der Serie B sowie drei in der Serie A.
Beim FCZ wird Joel Untersee das Trikot mit der Rückennummer 6 tragen.