Michael Krügers fussballerische Wurzeln liegen bei Hannover 96. Bereits in seiner Jugend kam er zu den Roten, wo er dann über die A-Junioren bis in den Profikader vorstiess. Nach seiner aktiven Karriere (u.a. 130 Zweitligaeinsätze und 18 Tore für Arminia Hannover) arbeitete Krüger als Fussballlehrer und übernahm 1989/90 das 96-Profiteam in der zweiten Liga, das er 41 Spiele als Cheftrainer verantwortete.
Nach weiteren Stationen in Deutschland entschloss sich Krüger 1995, den Trainerposten beim ägyptischen Club Arab Contractors zu übernehmen, mit dem er den Afrikapokal der Pokalsieger gewann. Ein Jahr später folgte mit dem ägyptischen Pokalsieg mit Al-Masry der nächste Titelgewinn. Michael Krüger erwarb sich nachhaltig den Ruf eines erfolgreichen fussballerischen Entwicklungshelfers im afrikanisch-arabischen Raum. So war er nach der einen oder anderen Zwischenstation in Deutschland (u.a. Zweitligaaufstieg mit Eintracht Braunschweig 2005 und Cheftrainerposten beim Zweitligisten Alemannia Aachen 2009/2010) in der Folge immer wieder auch erfolgreich im Ausland tätig.
Im Sudan aktiv
Krüger arbeitete gleich dreimal für den sudanesischen Klub Al-Merrikh Khartum, mit dem er 2008 sowohl die Meisterschaft als auch den Pokalsieg feiern konnte. 2010 holte er mit demselben Verein erneut den nationalen Pokal und erreichte die Qualifikation zur CAF Champions League. 2014 kehrte der geborene Scharnebecker nach einem Jahr beim äthiopischen Verein Saint George SA erneut zum sudanesischen Spitzenklub zurück. Seine letzte Station war dann Enppi Club in Ägypten, den er vor dem Abstieg bewahren konnte.
Michael Krüger zu seiner Verpflichtung: "Ich freue mich wahnsinnig, dass es geklappt hat, wieder zu meinem Verein zurückzukehren. Hier hat schliesslich alles angefangen. So schliesst sich der Kreis."
Krüger wird Coach von Hannovers U23
Das Regionalliga-Team von Hannover 96 geht miteinem neuen Cheftrainer in die Saison 15/16. Michael Krüger übernimmtdie U23 und tritt damit die Nachfolge von Sören Osterland an. Der61-jährige erhält einen Zweijahresvertrag bis zum Juni 2017.Co-Trainer bleibt weiterhin Daniel Bauer.