Beim Schweizer Meister unterschrieb er am 3. August 2015 einen Vertrag über vier Jahre. Über die Ablösesumme haben die beiden Clubs Stillschweigen vereinbart.
Der in Rotterdam geborene Boëtius trat 2000 als Sechsjähriger dem Quartierclub H.O.V./D.J.S.C.R. Rotterdam bei, wechselte aber noch im gleichen Jahr in die Jugendakademie von Feyenoord. Am 28. Oktober 2012 debütierte er unter Trainer Ronald Koeman in der höchsten holländischen Liga, der Eredevisie, ohne zuvor je ein Aufgebot für die erste Mannschaft erhalten zu haben. Dabei erzielte Boëtius beim 2:2 gegen Ajax Amsterdam sogleich sein erstes Tor zum zwischenzeitlichen 1:1. Bis zu seinem jetzigen Wechsel nach Basel absolvierte er für Feyenoord im nationalen und internationalen Wettbewerb 96 Spiele und erzielte dabei 20 Tore.
Am 5. März 2014 bestritt Boëtius sein bisher einziges Länderspiel für Hollands A-Nationalmannschaft. Er war bei einer 0:2-Testspielniederlage der Holländer vor 80'000 Zuschauern im Stade de France von Paris während 73 Minuten im Einsatz. Für die verschiedenen Nachwuchs-Auswahlteams der Niederlande bestritt er 25 Partien und schoss dabei vier Tore.
Nach Adrianus van Kraay, André Sitek, Robert Kok, Martinus van Duren und Marco Sas ist Jean-Paul Boëtius der sechste holländische Spieler, der für Rotblau spielen und dabei die Dressnummer 77 tragen wird.
Jean-Paul Boëtius wechselt zum FC Basel
Der 21-jährige holländische Offensivspieler mit surinamischen Wurzeln, Jean-Paul Boëtius, wechselt per sofort von Feyenoord Rotterdam, wo sein Vertrag noch bis 2016 lief, zum FC Basel 1893.