Über die Jugendabteilung des VfB Stuttgart gelang Holger Badstuber 2002 im Alter von 13 Jahren in den Nachwuchs des FC Bayern München, bei welchem er den Grossteil seiner fussballerischen Ausbildung genoss. Seinen ersten Profivertrag beim deutschen Rekordmeister unterschrieb der spielstarke Innenverteidiger am 1. Februar 2009. Kurz darauf, am 8. August 2009, feierte der gebürtige Memminger unter dem damaligen FCB-Trainer Louis van Gaal sein Bundesligadebüt im Spiel gegen die TSG 1899 Hoffenheim.
Insgesamt stand Badstuber nicht weniger als 177-mal für den FC Bayern in Pflichtspielen auf dem Platz und feierte dabei grosse Erfolge: Sechs deutsche Meisterschaften, vier DFB-Pokalsiege, ein UEFA Super Cup, die FIFA Klub-Weltmeisterschaft, drei deutsche Superpokalsiege und 2013 der Triumph in der UEFA Champions League zählen dabei zu seinem eindrücklichen Palmarès.
Nach einer kurzen Ausleihe zum FC Schalke 04 wechselte der 31-fache deutsche Nationalspieler auf die Saison 2017/18 zum VfB Stuttgart und half mit, den damaligen Bundesligaaufsteiger in der Liga zu halten. Nach dem Abstieg in der Saison 2018/19 gelang es Badstuber und dem VfB, den direkten Wiederaufstieg zu bewerkstelligen und den Traditionsklub zurück in die Bundesliga zu führen. Die vergangene Spielzeit absolvierte Badstuber in der 2. Mannschaft des VfB und absolvierte dabei 28 Spiele in der Regionalliga Südwest.
«Mit seiner grossen Erfahrung und Spielintelligenz wird uns Holger enorm helfen können», sagt FCL-Sportchef Remo Meyer zu der aktuellsten Neuverpflichtung des FC Luzern. «Er wird uns nicht nur zusätzliche defensive Stabilität verleihen, sondern mit seiner ausgesprochenen Siegermentalität die Mannschaft auch zusätzlich prägen.» Auch Holger Badstuber zeigt sich erfreut über den Transfer in die Schweiz: «Ich bin glücklich, dass sich meine Karriere in der Schweiz fortsetzten wird. Der FC Luzern hat bei mir einen ambitionierten Eindruck hinterlassen und genau diese Herausforderung habe ich in der aktuellen Phase meiner Karriere gesucht. Ich freue mich auf meine neuen Mitspieler und natürlich darauf, zum ersten Mal die tollen Fans in Luzern live im Stadion erleben zu können.»