Seine fussballerische Karriere begann Lukas Watkowiak bei den Junioren des FSV Frankfurt. Von dort wechselte er in den Nachwuchs des 1. FSV Mainz 05, bei dem er die U17 und die U19 durchlief, bevor er 2015 den Sprung in die 2. Mannschaft der Mainzer schaffte. Für diese absolvierte er am 30. Juli 2016 auch sein Profidebüt in der 3. Liga.
Ein Jahr später wechselte Watkowiak zum SV Wehen Wiesbaden. Mit den Hessen stieg er in der Saison 2018/19 in die 2. Bundesliga auf und kam dort in der vergangenen Spielzeit zu 11 Einsätzen in der Meisterschaft sowie einem im DFB-Pokal, gegen den Bundesligisten 1. FC Köln.
„Wir sind sehr froh, dass wir Lukas Watkowiak verpflichten konnten. Er verfügt bereits über einige Erfahrung im Profibereich und wir freuen uns auf die Zusammenarbeit mit ihm.“, kommentiert Sportchef Alain Sutter den Transfer Watkowiaks.
Lukas Watkowiak wird beim FC St.Gallen 1879 das Trikot mit der Nummer 18 tragen.