Kubo war im Sommer 2013 zu YB gekommen. Der 23-Jährige erzielte für die Berner in 137 Wettbewerbsspielen 39 Tore und 15 Assists. In der laufenden Saison wurde er in 14 Super-League-Partien (5 Tore) eingesetzt; im Helvetia Schweizer Cup führt er die nationale Skorerliste mit fünf Treffern aus drei Spielen an.
Im Sommer legte er in der Champions-League-Qualifikation gegen Schachtar Donezk im Rückspiel mit zwei Toren den Grundstein zum grossen Erfolg nach Penaltyschiessen. Yuya Kubo gab im letzten Herbst in der japanischen Nationalmannschaft seinen Einstand.